Информационная (матричная) РНК (мРНК) служит посредником при переносе генетической информации от геномной ДНК к функционально активному полипептиду. Регуляция экспрессии генов в клетке путем активации и инактивации транскрипции осуществляется с помощью специфических сигналов и белков. Метод неизотопной гибридизации in situ (НГИС) позволяет выявить и точно локализовать в клетках или срезах тканей нуклеиновые кислоты с определенной последовательностью, а также провести полуколичественный анализ РНК-тран-скриптов одновременно с определением морфологического, биохимического и иммунологического фенотипов клеточного окружения.

В результате удается получить ценную информацию о пространственном распределении мРНК на тканевом, клеточном и субклеточном уровнях и проследить за изменением ее содержания при различных патологических состояниях и в процессе развития организма. При наличии аллель-специфичных зондов можно также провести качественный анализ распределения в клетках высокогомологичных мРНК.

Пока метод НГИС используется в основном в чисто научных целях, однако с повышением доступности специфических зондов и автоматизацией процедур масштабы его применения в обычных диагностических лабораториях в диагностических и прогностических целях будут расширяться. Недавно разработанные методы выявления мРНК в фиксированных формалином и залитых в парафин архивных препаратах позволят устанавливать корреляцию между экспрессией индивидуальных генов и развитием клинической картины заболевания, а также проводить ретроспективные исследования архивных препаратов.

Для внедрения любого нового метода в клиническую практику необходимо провести предварительные эксперименты с использованием модельных и контрольных систем. Очень удобными системами такого рода являются клеточные линии. Они обладают следующими преимуществами:
• клеточные линии обычно хорошо охарактеризованы и число копий специфических мРНК в клетке либо точно известно, либо может быть определено с помощью Нозерн-блоттинга;
• экспрессию мРНК легко индуцировать или подавить с помощью различных физических воздействий, гормонов, факторов роста;
• клеточные линии достаточно (хотя и не полностью) однородны по составу;
• они являются неограниченным источником материала со стабильными свойствами.

Клеточные линии используются:
а) как модели при разработке методики эксперимента: на них до начала работы с клиническими препаратами можно подобрать оптимальные условия для НГИС;
б) для оценки чувствительности НГИС; при этом абсолютное количество РНК определяют с помощью Нозерн- или дот-гибридизации;

в) как положительный контроль, который гарантирует, что метод НГИС «работает» стабильно, а не от случая к случаю, и позволяет добиться необходимой чувствительности;
г) как отрицательный контроль: использование не экспрессирующей определенный ген клеточной линии позволяет убедиться в специфичности зонда.

Препарат культивируемых клеток обрабатывают так же, как клинические препараты тканей. Например, при сравнении с архивными препаратами клетки фиксируют, заливают в парафин и получают срезы. Однако вследствие различий между тканями разных типов и межклеточным материалом получить идентичные условия демаскирования и протеолитической обработки срезов не удается, так что переносить результаты, полученные на клеточных культурах, на ткани (или результаты, полученные на одной ткани, на другую ткань) следует с осторожностью.

- Читать далее "Контроли гибридизации мРНК. Предупреждение загрязнения РНКазами"