Комплексные методы оценки комплементарности. Модель Фри—Вилсона

Такие подходы основаны на предположении о том, что наиболее активные молекулы лучше соответствуют полости и активным центрам рецептора. Следовательно получив трехмерное изображение структуры молекулы биологически активного вещества и выполнив их оптимальное совмещение (выравнивание, суперпозицию) можно получить относительную модель рецептора. Неактивные молекулы используются в качестве информативных о индифферентных областях рецептора. Характеристики сформированной таким образом молекулы используются в дальнейшем для описания связи структура—биологическая активность.

В данном случае, собственно как и в большинстве аналогичных ситуаций, для оценки биологической активности веществ по их физическим, химическим и физико-химическим показателям применяются методы QSAR, основанные на поиске статистической зависимости (корреляции) между этими показателями.

Фактически при поиске такой корреляции используется регрессионный анализ. Получаемые при этом уравнения, связывающие структурные показатели с биологической активностью, обычно называют корреляционными или регрессионными уравнениями типа структура—активность.

Связь между структурными показателями и биологической активностью веществ может быть определена либо чисто эмпирическим подбором показателей, исходя из общих соображений, либо на основе модельных представлений.

оценка комплементарности

Примером модельного подхода в сочетании с эмпирическим может служить классический метод, разработанный Ханчем. Базовыми показателями в такой системе QSAR являются липофильность и электронные свойства веществ, а также их активность, такая взаимосвязь описывается следующим уравнением:
Log BR = f(r, r2, r3, ...), где BR — биологический ответ (IC50, ED50, LD50, Kt и др.), а rn — молекулярные дескрипторы.

Следовательно, в модели Ханча используются представления о линейной зависимости свободной энергии изучаемого процесса от физико-химических параметров соединений, которые считаются независимыми переменными.

Наряду с этой моделью существуют и другие. Например, в аддитивной модели Фри—Вилсона биологическая активность представляется как сумма активности типового соединения в гомологическом ряду и активностей заместителей. Принимается предположение о равном вкладе заместителя в одном и том же положении независимо от того с каким соединением в ряду он связан. Критические замечания по этому поводу известны.

Напомним, что структура химического соединения может быть представлена в виде структурной химической формулы, в виде электронной структуры, характеризуемой определенным набором квантово-химических индексов и, наконец, в виде трехмерной структуры (3D).

- Читать далее "Конформационная лабильность. Метод конформации CoMFA"

Оглавление темы "Прогнозирование и скрининг новых лекарств":
1. Программы прогнозирования в фармакологии. Прогнозирование межмолекулярных взаимодействий
2. Молекулярный потенциал липофильности. Термодинамика водородной связи
3. Виртуальный скрининг фармакологического профиля. Виртуальный скрининг фармакофором
4. Виртуальный скрининг БАВ. Метод моделирования псевдорецептора
5. Комплексные методы оценки комплементарности. Модель Фри—Вилсона
6. Конформационная лабильность. Метод конформации CoMFA
7. Недостатки метода CoMFA. Допинг метод в фармации
8. Искусственные нейронные сети. Функции нейронных сетей
9. Генетический алгоритм обучения. Высокопродуктивный скрининг лекарств
10. Скрининговые технологии в фармации. Виды скрининговых технологий

Ждем ваших вопросов и рекомендаций: