Виды компьютерного синтеза. Стадии поиска компьютерного синтеза

Доступ к формализованным описаниям способов представления химических реакций в КС может быть двух видов. Во-первых, эмпирическое направление КС, использующее закодированные сведения об известных органических реакциях. Во-вторых, неэмпирический КС, когда трансформации генерируются логико-комбинаторным путем, без привлечения фактических сведений. С этой целью, обычно, используется набор определенных логических инструкций или комбинаторные алгоритмы.

В настоящее время многие программы неэмпирического КС включают и взаимодействие с банками данных, обращение к которым позволяет производить химическую оценку полученных результатов, т. е. позволяет реализовать эмпирический критерий отбора.

Что касается представления и анализа химических реакций в программах КС, то они относятся к эмпирическому направлению и используют в своей работе библиотеки трансформаций, имеющие общие черты. Они включают информацию (описание) о структурных фрагментах, которые обязательны в заданной ХС, для того чтобы данная трансформация могла осуществляться. Кроме того, описание включает также перечень структурных изменений, которые нужно произвести, чтобы генерировать структуры, соответствующие результату применения данной трансформации в заданной ХС. Наконец, обязательно присутствует идентификатор каждой трансформации.

Наиболее важная проблема КС — создание и формализация критериев отбора. В программах эмпирического КС используют чаще всего следующие стадии поиска:
1) выбор определенной стратегии синтеза, которая ограничивает число и вид превращений, доступных в библиотеках трансформаций;
2) оценка или отбраковка конкретных трансформаций до их применения в заданной ХС;
3) оценка или отбраковка конкретных предшественников, заданной ХС, полученных в результате трансформации.

компьютерный синтез

Выбор надлежащей стратегии осуществляется, как автоматическим способом, так и при участии пользователя. Обычно используются несколько стратегий, позволяющих отыскать весьма эффективные пути синтеза. Как правило, к основным стратегиям относят следующие типы:
1) стратегия применимости, т. е. поиск в библиотеках трансформаций всех превращений, которые применимы в заданной ХС;
2) стратегии, ориентированные на трансформации, т. е. поиск в библиотеках трансформаций известных, достаточно надежный реакций, с помощью которых можно осуществить необходимый синтез заданной ХС;
3) структурно-ориентированные стратегии, т. е. поиск трансформаций, приводящих именно к таким предшественникам заданной ХС, которые содержат определенные структурные фрагменты;

4) топологические стратегии, т. е. поиск трансформаций, приводящих к разрыву одной или нескольких связей, в результате чего происходит упрощение структуры исходной ХС;
5) стереохимические стратегии, т. е. поиск трансформации, с помощью которых можно осуществить синтез заданного КС с определенной конфигурацией всех реагентов;
6) стратегии, ориентированные на функциональные группы, т. е. поиск трансформаций, осуществляющих введение, удаление, защиту или их изменение.

- Читать далее "Химические реакции компьютерного синтеза. Списки целей компьютерного синтеза"

Оглавление темы "Синтез и его моделирование в фармакологии":
1. Метод Gene Calling. Микрочипы в фармакологии
2. Высокопродуктивные технологии БАВ. Компьютерный синтез в фармакологии
3. Виды компьютерного синтеза. Стадии поиска компьютерного синтеза
4. Химические реакции компьютерного синтеза. Списки целей компьютерного синтеза
5. Синтетические библиотеки в фармации. Комбинаторные библиотеки и химия
6. Метод реакционной смеси. Реакционные блоки
7. Синтез смесевых комбинаторных библиотек. Вариативность метода синтеза
8. Параллельный синтез. Библиотеки смесей
9. Исследования веществ комбинаторных библиотек. Вещества с В- и Т-клеточной специфичностью
10. Библиотека из библиотеки. Автоматизация синтетических процессов

Ждем ваших вопросов и рекомендаций: